Растет агат в естественно образовавшихся каменистых пустотах – т. н. жеодах, посредством постепенного вымывания воды, содержащей кремний. Таким образом, содержащиеся в проходящей воде вещества откладываются на поверхностях пустот, и образуют минерал.